除了国家级资源库，各地还建立了一批特色鲜明的种质资源库，专注于保护当地特有的生物资源。

天津市农作物种质资源库于2022年8月建成使用，建有2个长期库、2个中期库、3个中期可调库和1个自动化库，现已入库种质资源5.2万余份。该库重点收集保护津门特色优势种质资源，如黄瓜、花椰菜等。

国家重要野生植物种质资源库辰山中心（上海）则专注于野生植物种质资源的保护。截至2025年初，该中心库存饱满种子总量已突破1亿粒，来自159科785属1950种野生植物，其中包括323种中国特有种和68种珍稀濒危植物。这些种子被形象地称为“留给未来的‘生命备份’”。

这些特色种质资源库不仅保护了区域生物多样性，也为当地农业品种改良提供了重要基因资源。